A principios de octubre de 1934, el Chef des Wehramtes del Reichswehrministerium, Oberst Friedrich Wilhelm Waldemar Fromm, observó personalmente el progreso del almacenamiento subterráneo de prueba. Casi al mismo tiempo, Wintershall A.G. presentó una primera oferta a la Heeres-Zeugamt Kassel para ampliar la explotación minera (líneas Martha, Weller y M) hasta convertirla en un depósito de municiones subterráneo. El grupo estimó el gasto en alrededor de 30.000,00 Reichsmark. La oferta de Wintershall A.G. incluía, entre otras cosas: los costes de los trabajos de limpieza necesarios, la preparación de los almacenes subterráneos, la ampliación del sitio de llenado del pozo de Sachsen y la instalación de un teleférico en el tramo M y un sistema telefónico para toda la mina. Si bien durante las negociaciones del contrato de 1934 se acordó que "la Heeresverwaltung solo utilizaría los espacios subterráneos de las minas para fines de almacenamiento", la Heeresverwaltung decidió el 29 de octubre de 1935, antes de que comenzara la construcción, en una reunión con Wintershall A.G. el sitio el uso de todas las instalaciones, incluidos los edificios sobre el suelo.
En noviembre de 1935, Wintershall A.G. inició inmediatamente los trabajos de renovación bajo tierra, pero la Heereszeugamt tardó en cumplir con sus obligaciones de pago derivadas de la adjudicación del contrato. A principios de abril de 1936 se habían acumulado atrasos de pago de más de 87.000 Reichsmark en relación con los proyectos de construcción en Bernterode, Dingelstedt y Obergebra. El 1 de abril de 1936, Wintershall A.G. se quejó de esto en una carta dirigida directamente a la dirección de la Heeres-Zeugamt Kassel, en la que la empresa de potasa afirmaba en parte:"Ya hemos explicado en varias ocasiones que valoramos nuestros gastos por usted lo más rápido posible para ser reembolsado. Por este motivo, no es aceptable facturar estos proyectos de construcción solo una vez finalizados y solicitar los importes presentados a las distintas Heeres-Munitionsanstalten".
Esta no fue la única razón por la que las relaciones entre Wintershall A.G. y la Wehrkreisverwaltung eran tensas. En junio de 1936, volvió a surgir cierta discordia después de que el Heeres-Munitionsanstalt se negara a cubrir los gastos de vigilancia de la planta. Muna rechazó la adquisición, citando el acuerdo original que surgió antes de la adquisición de los edificios sobre el suelo. Wintershall A.G. contradijo esto y respondió: "Durante las primeras negociaciones de 1934, que también constituyeron la base del contrato, opinamos que la Heeresverwaltung solo utilizaría los espacios de las minas subterráneas para fines de almacenamiento y eso es lo que el contrato se basa en haber sido construido. Solo con el tiempo se nos anunció que en Bernterode se iba a construir una instalación de municiones completa, para lo cual ya se ha utilizado toda la instalación". Este conflicto duró hasta finales de octubre de 1936. Solo en una reunión del 29 de octubre de 1936, los opositores acordaron levantar el "camuflaje".
A finales del verano de 1936, partes de las cámaras subterráneas estaban listas para ser ocupadas y comenzó el almacenamiento de pólvora, explosivos, municiones y otros bienes de la Wehrmacht. Apenas dos años después, el 24 de noviembre de 1938, el pozo estaba completamente ocupado. En el otoño de 1936 se produjeron por primera vez en el campo prusiano afluencias extremas de lejía, de hasta 2,5 litros por minuto, después de que las capas colgantes de arcilla y anhidrita de las minas se hundieran progresivamente hasta alcanzar un espesor de ocho a diez metros. Para proteger la instalación, las canteras tuvieron que estabilizarse apoyando las pendientes colgantes y apoyando las capas colgantes con madera. El 23 de septiembre de 1936, Wintershall A.G. solicitó a la Heeres-Feldzeugverwaltung IX Kassel que encargara los trabajos a Heeres-Munitionsanstalt Bernterode y le proporcionara los recursos necesarios. El 22 de abril de 1937, la Wehrkreisverwaltung IX informó a Wintershall A.G. que los "trabajos de seguridad en las minas 1 y 1a" comenzaron el 16 de abril de 1937. En noviembre de 1938 se produjeron problemas similares en el pozo Sachsen.
Los trabajos en superficie (proyecto de construcción 9138), que progresaron mucho más lentamente en comparación con la ampliación de las minas subterráneas, en 1938 todavía no estaban terminados. El programa de construcción del ejército para 1938 preveía la ampliación de la antigua central eléctrica como almacén para buques de embalaje y la demolición de la fábrica de cloruro de potasio por riesgo de colapso, con el consentimiento previo de Wintershall. Los días 19 y 26 de marzo de 1938, Muna hizo sustituir las jaulas transportadoras de los dos pozos; con fines didácticos también participaron representantes de las Heeres-Munitionsanstalten circundantes en Obergebra, Wolkramshausen y Kleinbodungen. Sin embargo, hasta mediados de marzo o finales de julio de 1939, Wintershall A.G. y el Reichsfiskus Heer no ratificaron el acuerdo de uso final para toda la instalación, con efecto retroactivo para el período comprendido entre julio de 1934. De 1938 a 1940, el Heeres-Munitionsanstalt Bernterode instaló un número considerable de salas subterráneas adicionales para el almacenamiento de municiones. El 7 de agosto de 1938, Wintershall A.G. declaró su consentimiento para que "se abrieran nuevas salas en las instalaciones de Bernterode en Felde Preußen, en la mina 9 o en la línea E". En cuanto al trazado previsto inmediatamente al noroeste del pozo Preußen, Wintershall A.G. rechazó la excavación por motivos de seguridad y transporte, de acuerdo con la Heeres-Bauamt Nordhausen. Como alternativa, la empresa de potasa propuso iniciar nuevas rutas en dirección sur, cerca del pozo prusiano. En septiembre de 1940, Wintershall A.G. aceptó la apertura de seis salas de trabajo y almacenamiento adicionales en la zona del recorrido del teleférico en la mina 9.
A finales de mayo de 1942, la existencia continuada de la Heeres-Munitionsanstalt en su conjunto estaba en duda debido a la nueva entrada de álcali. Los expertos encargados por el Ministerio de Economía "esperaban una catástrofe en el campo de Sachsen", pero asumieron una amenaza local sin afectar al campo Preußen. De manera alarmante, el 29 de mayo de 1942, representantes del Oberkommando der Wehrmacht, el Wirtschaftsministeriums (Lindemann, Sengling), la Wehrkreisverwaltung (Milde), la Heeres-Bauamtes (Zuckriegel) y el Heeres-Munitionsanstalt Bernterode (Gerber y Gräbe) entraron en el Campo Sachsen. El comité llegó a la conclusión preliminar de que los futuros trabajos solo podrán realizarse en el campo Preußen y que debería adquirirse lo antes posible una potente bomba de lejía de alta presión. Independientemente de la urgencia, no fue hasta septiembre de 1943 que el Heeres-Munitionsanstalt Bernterode tomó las urgentes medidas de seguridad necesarias en el campo Sachsen e instaló una cámara de bombeo con un tanque de lejía que incluye bombas y elevadores. El 25 de septiembre de 1943, la autoridad minera de Weimar informó a la autoridad minera de Clausthal-Zellerfeld que, debido a "las condiciones especiales en el Heeres-Munitionsanstalt Bernterode, no se podía prescindir del trabajo".
La instalación de Bernteröder incluía en el cercano Schmalenbachtal una zona de trabajo de municiones ("Fertigungsgebiet/zona de producción" o "F-Gebiet/zona F") que constaba de un almacén, cinco talleres de municiones, una sala de soldadura, dos almacenes de municiones manuales y un edificio de asistencia social, cuya construcción comenzó a principios de 1936. En el otoño de 1937 finalizaron las obras y pudieron empezar a trabajar principalmente trabajadoras de la región de Nordhausen, y más tarde también extranjeras. En cinco talleres separados espacialmente y en dos almacenes de municiones manuales, los Muna hicieron fabricar proyectiles equipados con detonadores y cargas detonantes y cartuchos, también para granadas de obús de campaña de 10,5-cm. Esto se hizo en varios pasos. Primero se llenaron bolsas de cartuchos de tela de lino con la cantidad de pólvora prevista, previamente pesada, luego se cosieron y se insertaron en el cartucho de cartón, que se cerró con la tapa del cartucho y finalmente se enroscó el tornillo de encendido. Para evitar la más mínima chispa, a las salas de trabajo sólo se podía entrar con zapatillas de fieltro; otros accidentes industriales eran inevitables. Después de realizar la inspección final y empaquetarlos en cajas de transporte, "Muna" almacenó los lotes terminados en las cámaras del pozo. A partir de 1939, el Oberkommando des Heeres trasladó gradualmente algunas de las salas de trabajo de municiones del área de trabajo de municiones al subsuelo.
A más tardar a principios de 1941, el Muna Bernterode creó un servicio de transporte y encargó a sus trabajadores locales que vivían en las ciudades de los alrededores crear un servicio de transporte. El 18 de marzo de 1941, Muna firmó un acuerdo de cooperación con la planta de potasa de Bischofferode sobre el uso compartido de autobuses por parte de la planta de potasa de Bischofferode. Cuanto más avanzaba la guerra, más trabajadores varones se perdían debido al reclutamiento en el frente. El Heeres-Munitionsanstalt Bernterode cerró las brechas utilizando trabajadores extranjeros y trabajadores forzados. Para ellos, Muna instaló cinco cuarteles (tres de los cuales eran cuarteles residenciales) en las instalaciones de la fábrica, directamente en la actual Bundesstraße 80, y cercó este campo con alambre de púas. A finales de marzo de 1943 llegaron a Bernterode unos 200 franceses que, unos días antes, habían sido reclutados para el Reichsarbeitsdienst, el "Service du Travail Obligatoire" (STO), de conformidad con la ley francesa del 16 de febrero de 1943. Muchos procedían del norte de Francia, otros de los alrededores de Lyon, Bordeaux o Bretagne.
Uno de los franceses reclutados para el servicio laboral fue Pierre Laurent. Salió de Bordeaux en tren el 23 de marzo de 1943 y, tras cambiar de tren varias veces, llegó a Bernterode el 27 de marzo. Laurent anotó a mano sus experiencias en un diario hasta su repatriación el 17 de mayo de 1945. Encontró que las condiciones de trabajo eran extremadamente duras, especialmente durante los primeros tres meses. Junto con sus compañeros de sufrimiento, trabajaba nueve horas al día, alternando el día y la noche semanalmente. Los hombres se dedicaban principalmente a la producción de municiones en Schmalenbachtal y en el propio pozo, con el almacenamiento de pólvora y cajas de municiones, así como material de guerra. Recibieron salarios por su trabajo y pudieron salir del campo durante el día sin restricciones. Esto les dio la oportunidad de ayudar a los agricultores locales y así mejorar sus raciones de alimentos. Laurent compartía con otras 22 personas un barracón en el que había literas con un colchón de papel. Las condiciones eran hacinadas. Al lado del alojamiento había un espacio abierto en el que se encontraba un gran disco de hormigón con un águila pintada sobre un fondo azul, blanco y rojo. En el borde llevaba el lema propagandístico "Wir arbeiten gemeinsam für Europa/Trabajamos juntos por Europa".
Cuando llegaron los franceses en marzo de 1943, cuarenta "trabajadores orientales", presumiblemente ucranianos, estaban trabajando en las Heeres-Munitionsanstalt Bernterode. No hay información fiable sobre su alojamiento y condiciones de vida. A partir del verano de 1943, hay pruebas de que se emplearon más trabajadores forzosos rusos, muchos de los cuales tenían sólo 16 años cuando llegaron. Entre ellos se encontraban Oleg Stepanov (Олег Степанов), Vladimir Senkevich (Владимир Сенкевич), Viktor Gosdzkiy (Виктор Госдзкий), Leonid Korgum (Леонид Коргум) y Pavel Poltreak (Павел Полтрик), que intentaron escapar el 5 de noviembre de 1943, fueron capturados y entregados a la Gestapo en Erfurt, que los puso bajo "custodia educativa". No regresaron a Bernterode hasta el 4 de febrero de 1944. El 23 de abril de 1944, 50 prisioneros de guerra italianos, difamados como "Badoglios", se unieron al personal de la "Muna". Fueron alojados en el cuartel con los franceses, pero fueron objeto de importantes represalias y restricciones. Hacia el final de la guerra (no se conoce la fecha exacta), el Heeres-Munitionsanstalt recurrió a trabajadores forzados polacos que fueron retirados de otras empresas por la oficina de empleo. Hicieron un trabajo duro sin tener en cuenta su condición física. Zofia Załęska, que hasta diciembre de 1944 trabajó en la fábrica Polte de Duderstadt, recuerda: "Hacia el final de la guerra nos llevaron a una nueva fábrica subterránea; esta era una antigua mina de sal. Allí también recibimos municiones del frente. Tuvimos que limpiar las municiones, cargarlas en camiones y subirlas nosotros mismos. Este trabajo fue muy difícil. Casi no había aire, me dolían los ojos".
En el otoño de 1944 se almacenaron 200 barriles de acero con "Z-Stoff" en el sector Martha, a 540 m de altura de la planta de potasa de Bernteröder. Se trataba de permanganato de sodio líquido (NaMnO4), que se utilizaba como ayuda de arranque en cohetes. Esta "Z-Stoff" probablemente se mantuvo en Bernterode debido a su proximidad a las plataformas de lanzamiento de cohetes previstas en Keula y Hüpstedt. Por razones de secreto, sólo los oficiales de la Wehrmacht transportaron los barriles de acero a su destino bajo tierra. La fuerza laboral civil de Muna no debe ser informada del incidente. Por la misma razón, a los oficiales de la Wehrmacht sólo se les permitía protegerse con guantes de goma durante el transporte de los barriles; se habrían tomado más precauciones de seguridad. Después del final de la guerra, surgieron rumores de que los barriles contenían agentes de guerra química. Los aliados también recibieron información de que había "productos químicos venenosos" en las minas. El 1 de junio de 1945, una unidad especial estadounidense inspeccionó los barriles en la ruta Martha. Unos días más tarde, el 4 de junio de 1945, el "oficial químico" informó a sus superiores que las sospechas de agentes bélicos no habían sido confirmadas.
El 14 de marzo de 1945, un Sonderkommando de la Wehrmacht dirigido por el Oberleutnant Peter Kraske trasladó los ataúdes de Paul Ludwig Hans Anton von Beneckendorff und von Hindenburg y su esposa Gertrud Wilhelmine von Beneckendorff und von Hindenburg (soltera, von Sperling), así como los de los reyes Friedrich Wilhelm I y Friedrich II de Prusia del puesto de mando subterráneo del jefe de la Luftwaffe Göring, en Eiche, cerca de Potsdam, fueron a Bernterode para almacenarlos en una cámara subterránea, que luego fue tapiada según las instrucciones de los Feuerwerker de Muna. En esta operación sólo participaron unos pocos empleados seleccionados de Muna; el resto tuvo que acudir al comedor para no enterarse de lo que allí se depositaba. Unos días más tarde llegaron los archivos del registro de la propiedad de Kassel, la Galería Estatal Prusiana, la biblioteca de Sanssouci, el Tesoro de la Corona Hohenzollern, valiosas porcelanas y 271 pinturas. Además, se dice que se han almacenado expedientes del Ministerio de Asuntos Exteriores. El 10 de abril de 1945, las tropas estadounidenses ocuparon el depósito de municiones del ejército de Bernterode, donde las operaciones continuaron hasta el mediodía. Sin embargo, al principio no entraron en el pozo, aparentemente porque los responsables no daban importancia a las reservas de munición almacenadas. El 27 de abril de 1945, una unidad especial del First Army llegó a Bernterode y ese mismo día inspeccionó las minas subterráneas. En un túnel lateral, el equipo de inspectores llegó a la cámara tapiada con los ataúdes y los tesoros artísticos. El 1 de mayo de 1945, el First Army llevó el Tesoro de la Corona Hohenzollern primero a su cuartel general y un día después al Reichsbank de Frankfurt. Entre el 3 y el 9 de mayo de 1945, una unidad especial recuperó los cuatro ataúdes y los demás objetos de arte y los transportó al castillo del Landgrave de Marburgo.
El 2 de julio de 1945, las tropas estadounidenses se retiraron y entregaron las instalaciones, intactas salvo los tesoros artísticos que habían sido retirados, al ejército ruso. En ese momento todavía se almacenaban en los pozos varios cientos de toneladas de explosivos y otro material militar. Ya a finales de mayo de 1945, el Oberbergrat Schulze llamó la atención del gobierno militar estadounidense sobre los peligros que conlleva el almacenamiento de grandes cantidades de munición, pero esto no recibió ninguna atención. Dos días después de la partida de los estadounidenses, un tren de municiones estacionado en la estación de trenes de la fábrica se incendió; varias explosiones sacudieron la zona de la mina. Las instalaciones de la superficie, especialmente cerca del hogar principal en el cobertizo de locomotoras y el edificio del taller, fueron destruidas y quemadas. Del edificio del taller, el cobertizo de locomotoras y el cobertizo de sal bruta sólo quedaron los muros de cimentación. El sistema de transporte del pozo Preußen también resultó gravemente dañado. El casco se derrumbó, las cuerdas se rompieron y las jaulas cayeron a las profundidades. La parte occidental del techo de la máquina bobinadora de Sachsen se había caído sobre la cabina del conductor y las unidades de arranque, por lo que este eje ya no se podía utilizar.
En octubre de 1945, el gobierno militar hizo tapar el pozo Preußen destruido, mientras que el pozo Sachsen, menos dañado, se conservó para el almacenamiento de municiones. Los días 13 y 14 de noviembre de 1945, representantes de la Sowjetische Militäradministration in Deutschland (SMAD) visitaron ambos pozos. A continuación, el oficial responsable, el Starshiy leytenant Mashkileysson (Машкилейссон), dio a la Thüringischen Landesamt für Wirtschaft la orden de tomar las medidas necesarias para despejar el Heeres-Munitionsanstalt Bernterode y trasladar el resto de las existencias. Sin embargo, debido a una fuga de lejía, primero hubo que bombear la mina. En una carta de la "oficina de procesamiento" de Bernterode a la Landesamt für Wirtschaft in Weimar del 20 de diciembre de 1945 se enumeran los trabajos a realizar: "Se van a transportar unas 900 toneladas de munición, piezas de munición, pólvora, etc. ser transportado desde el subsuelo a la superficie y de allí a un prado a unos cuatro kilómetros de distancia en carruajes tirados por caballos. Las municiones, etc., se apilan en el prado por separado según el tipo. En un turno se necesitan alrededor de 100 hombres para trabajar. Dado que la producción sólo se puede realizar con el pozo "Sachsen" (pozo de reserva), cuya capacidad de producción es de aproximadamente 30 a 40 toneladas en ocho horas, se puede esperar un tiempo de trabajo de aproximadamente nueve meses.
En el período comprendido entre el 16 de diciembre de 1945 y el 15 de marzo de 1946, el almacenamiento de municiones y la reparación de la mina costaron 72.500 Reichsmark, que fueron pagados por el Landesbank Thüringen. A finales del verano de 1946 se recuperaron las últimas reservas de munición de la mina y se destruyeron en distintos lugares de voladura en un radio de unos tres kilómetros. El emplazamiento más grande de este tipo se encontraba en la vertiente sur del Harburg, al norte del Stöcksberg. Otras explosiones se produjeron en el extremo norte de Hohlenbach-Wiese, cerca de la zona de producción. Los edificios de producción en Schmalenbachtal, que apenas se vieron afectados por la explosión de julio de 1945, fueron vaciados y demolidos en cumplimiento de la orden de desmantelamiento 168 de SMAD Turingia. Aparte de algunos restos de escombros que aún hoy se encuentran dispersos por la zona, poco se ha conservado; sólo el edificio de almacenamiento a quedado parcialmente destruido. El VEB Cottana Mühlhausen dirigió allí una fábrica de tejidos hasta el otoño de 1990.
En 1951 se tapó el pozo Sachsen y se interrumpió el almacenamiento de lixiviación, por lo que la mina de Bernterode inevitablemente se inundó. Dado que los depósitos de sal dura en la zona de construcción del este, los antiguos yacimientos mineros de Kraja, Gebra, Sollstedt y Neusollstedt gestionados por el VEB Karl Marx Sollstedt, estaban disminuyendo, se planificó un traslado de la capacidad de producción a la zona de construcción occidental de Haynrode-Kirchohmfeld en el decenio de 1970, que debería estar terminado en 1982. En este contexto, la mina Bernterode, que ahora está llena, debería ser nuevamente honrada y utilizada como ventilación para el nuevo campo minado y como alimentador de material (pozo Preußen). Esto requirió una reducción en el nivel de lejía. Para lograrlo, en 1974 se iniciaron extensos trabajos de reconstrucción que duraron varios años. El 15 y 23 de febrero de 1977, los trabajadores encontraron dos proyectiles de 10,5-cm a una profundidad de 456 m. Como era de esperar que se produjeran más hallazgos de este tipo, se suspendieron los trabajos en el pozo Preußen, pero continuaron los trabajos en el pozo Sachsen. En el verano de 1998, unos trabajadores de la construcción descubrieron una fosa común mientras excavaban una nueva zona industrial en Schmalenbachtal. Hubo especulaciones entre el público y la prensa local de que los muertos podrían haber sido trabajadores forzados que habían sido fusilados; sin embargo, no se encontró evidencia de esto.
